柱层析硅胶的分离原理是根据硅胶吸附能力的不同来分离物质。整个色谱过程是吸附，解吸、再吸收和再吸收的过程。柱层析硅胶是一种具有固体特性的胶体体系，由具有凝集结构的胶体颗粒组成。胶体是硅胶(聚硅酸)在水合状态下的缩聚物，是无定形的。胶体聚集的间隙在硅胶颗粒中形成微孔结构。因此，它是一种微孔结构丰富、比表面积高、纯度高、活性高的吸附材料。　　

　　柱层析硅胶的微观结构与普通硅胶没有区别。形成胶体框架的二氧化硅是二氧化硅和氧的四面体结合体，原子间的力场处于平衡状态。硅胶具有非常高的比表面积。硅胶颗粒内部孔隙的表面结构不同于骨架的内部结构。表面的硅原子和胶体中含有的结构水形成硅烷醇基。这种结构的不平衡使硅胶表面产生了自由力场，即具有吸附水分子或其他极性分子的能力，而被吸附的物质则是由于分子极性的原因，胶体颗粒表面的吸附力随强度而变化。因此，硅胶对不同物质混合物的吸附是有选择性的。

　　当分子极性强的组分通过硅胶表面时，硅胶产生的吸附力也强，组分在硅胶表面的停留时间更长。相反，分子极性较弱的组分保留时间较短。因此，柱层析硅胶生产厂家应说明，不同物质的混合物是由于通过硅胶的过程中保留时间不同而分离的。对于分子极性强的物质，硅胶有很强的吸附能力，比如水分子。在这种情况下，被吸附的分子只能获得足够的能量(如热能)来克服硅胶表面产生的重力场势垒，远离硅胶表面。这样，在正常条件下，当含有强极性物质成分的混合物通过硅胶柱层时，混合物中的强极性物质成分保留在硅胶孔中，从而表现出硅胶对物质进行脱水和精制或纯化的能力。

　　柱层析硅胶是一种具有特定孔径分布、表面羟基分布和粒径分布的多孔材料。混合体系中不同的物质在其孔隙中的吸附和解吸时间不同，从而达到分离纯化的目的。柱层析硅胶主要用于涂布薄层色谱硅胶板，也可用于各类有机物的定性或定量分析。柱层析硅胶可直接用作干洗剂的载体。柱层析硅胶已广泛应用于制药工业、植物化学、食品化学、生物工程、临床化学、材料化学、法医分析、环境化学、生命科学教学、临床、科研和生产中。