在有机实验中，当含有多种有机物的混合样品无法重结晶时，柱层析硅胶法可以说是一种有效的分离方法。在实验室中，通常用硅和氧化铝制作固定相吸附柱。硅胶色谱的分离原理是基于物质对硅胶的吸附力。
很多关于柱层析硅胶化学的实验书都有描述主层分析的实验方法，但大部分都是泛泛的描述，有些描述在实验室并不适用。比如很多书上提到，安装立柱的时候，先在底部铺上石英砂，倒入固定的桌子里，再在上面铺上石英砂。它不适用于实验室。根据多年使用柱层析硅胶的经验，总结了一些使用柱层析硅胶的技巧。
1.使用硅胶柱色谱。
超短层容易出现长柱或短柱，有时会有大量的硅残留，造成硅的浪费，这主要是由于硅等固定相使用量的不确定性。用于柱分析的硅一般为100-200目，100毫升硅的质量约为47克，直径2.8厘米的柱可容纳18厘米高。
2.使用洗脱液。
色谱硅胶在薄层上有时应该能看到分离效果，但过柱层析硅胶时很难分离。主要原因是薄层分析用的硅比柱分析用的硅细得多，所以分离效果很好。解决办法是减少税收系统的两极分化。一般柱层析硅胶分析用的去污剂极性比薄层分析用的显示剂低一倍，可以达到更好的分离效果。当被分离物质的极性范围较大时，可采用梯度洗脱，逐渐增加溶剂的极性，将吸附在硅胶上的其他化合物逐一洗去。
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